KOS-MOS開発計画に携わる才媛であったが、グノーシス現象にヴェクターが関わっていることに気づき退社する。
現在は地下組織「スキエンティア」と手を組み、ヴェクターの悪事を明るみにするために活動をしている。
今作では彼女の過去に触れることにより、14年前、旧ミルチアで起こった真実、延いてはシオンの本当の役割が明らかになっていく。

人類に敵意を持って接してくる謎の生命体「グノーシス」に対抗するために開発された戦闘用アンドロイドとなっているが、謎めいた行動が多く、別の目的も見受けられる。本来は感情を持たない戦闘兵器のはずであるが、シオンは何度かKOS-MOSに対して「感情の揺らぎ」を感じている。
KOS-MOSに「こころ」は存在するのか。今作ではそれが非常に重要な鍵となっていく。

この世界に広く普及しているレアリエン(合成人間)で、グノーシスを捕捉する能力を持つ「百式観測器」のプロトタイプ。
幼い外見から一見か弱そうに見えるが、戦闘に長けている。
製作者は天才科学者と謳われたヨアキム・ミズラヒ（故人）と、ユリ・ミズラヒ夫妻。
体内にヨアキムの研究成果の集大成“Y資料”を保持していたため、その資料を廻ってトラブルに巻き込まれ続けた。
Y資料解析終了後の現在は本人の希望もありJr.達のサポートに従事している。

ウ・ドゥに対抗するために生み出された生体兵器“U.R.T.V.”のひとり。極めて高い戦闘能力を保持しており、27歳にもかかわらず外見が少年のままいうこともその能力に関係しているようだ。今回はユリ・ミズラヒの依頼により“宇宙に忽然と姿を現したある浮遊大陸”の調査に乗り出すが、そこで見た大陸とは？

星団連邦政府接触小委員会所属の戦闘用サイボーグ。過去に連邦警察第1875特殊作戦司令部に所属していたが、殉職したのち戦闘用サイボーグとして復職をする。
しかし、そのために生体脳にノイズとして残った生前の辛い思い出を忘れられぬまま日々を過ごしている。

元星団連邦特殊作戦軍情報部の大尉で、シオンの兄。幼いシオンが受けたトラウマの原因に気づいてはいるが、そうであるが故にシオンへの距離を測りかねては度々衝突している。しかし誰よりも心配しているのは事実であり、口うるさい忠告もシオンを思ってのことである。けれども、シオンがジンの気持ちを理解するときは来るのだろうか…

ヴェクター・インダストリーによって制作された特殊記録素子搭載型レアリエン。
データのバックアップや解析能力に優れているだけでなく、E.S.の操縦技術や、格闘戦闘などの能力も通常のレアリエンに比べ突出している。特定の期間中のみプレイヤーキャラクターとしての操作が可能。

ヴェクター・インダストリー第二開発局所属のシステムプログラマー。
シオンとアレンの後輩で、常に明るく元気な性格が取り柄。新兵器の開発を趣味とし、次々と武器を開発してはシオンにテスト運用を頼んでくる。
今作ではカナン同様特定の期間中のみプレイヤーキャラクターとしての操作が可能。

反応速度、強度ともKOS-MOS実戦筐体の3倍の出力を誇るり、KOS-MOSに替わるプロジェクトゾハルとして登場した。
外見は髪や肌の色こそ違うものの、KOS-MOSに瓜二つで、設計元、設計者の詳細が一切不明である。
一応現在の開発責任者は「ロート・マンテル」なる人物となっているが、かなり怪しい代物である。
目的は不明だが、敵意を持つかのようにKOS-MOSに度々攻撃を仕掛けてくる。

シオンの退職により、KOS-MOS開発計画の新主任に着任した。
以前よりシオンに想いを寄せているが、今のところまったく通じていないようである。
今作では、なんと命をかけてシオンへの愛の深さを証明する。